Род Годуновых выдвинулся на первый план в бурные годы опричнины при Иване Грозном. Дмитрий Иванович, воевода и шурин царя Фёдора Иоанновича, стал фактическим правителем государства при этом кротком государе. После смерти бездетного Фёдора Земский собор избрал на царство самого Бориса. Его правление было омрачено страшным голодом и появлением самозванца, выдававшего себя за чудом спасшегося царевича Дмитрия.
Смерть Бориса в 1605 году и последовавшая гибель его сына Фёдора и вдовы Марии положили конец царской ветви рода. Началось Смутное время — чехарда власти, интервенция и разор. Оставшиеся Годуновы, такие как окольничий Иван, служили и Вору, и Василию Шуйскому, пытаясь сохранить положение. С падением старой династии их влияние неуклонно таяло.
К моменту избрания Михаила Романова в 1613 году род был политически обескровлен. Некоторые его представители ещё числились при дворе новых царей, но уже не среди первых лиц. Их судьба стала отражением эпохи: стремительный взлёт при опричнине, вершина власти при Борисе и быстрое забвение после крушения династии, растворившись в рядах служилого дворянства.